En la lonja se descarga el pescado, se clasifica por especies, tamaño y calidad y se comercializa a través del sistema de subasta a minoristas locales, mayoristas nacionales y exportadores. El 90% de la pesca se vende en el propio municipio de Santander. Las especies más importantes capturadas son: chicharro, verdel, sardina, rape, merluza, bocarte, bonito, gallo, caballa y cigala.

Hay 40 barcos pesqueros en total y emplean a casi 400 personas (datos de 2009). Los caladeros están en aguas nacionales, principalmente en el cantábrico noroeste. La flota se ha ido reduciendo paulatinamente, ya que en 1994 había más de 60 buques. La flota de Santander representa aproximadamente el 25% de la flota total de Cantabria.

El varadero de limpieza y reparación de naves es una infraestructura necesaria para el mantenimiento de la flota pesquera local.